初平二年，即公元191年，关东联盟军解散之后，袁绍鹊巢鸠占，挤走韩馥，被拜为冀州牧。
当时冀州南部的黄巾军极为猖獗，袁绍板凳还没坐热，又得防着北边的公孙瓒，实在无力南顾，于是，他便以盟主的名义派曹操前往东郡一带围剿黄巾军。
曹操很快便打败了多股黄巾军势力，连战连捷，战果颇丰！
袁绍甚为欢喜，亲自表奏朝廷委任曹操为东郡太守。
曹操也由此取得了首块宝贵的根据地！
同年，颍川名士荀彧脱离袁绍，投奔到了曹操的麾下，此时曹操在军阀混战的乱世中才仅有一块立锥之地，因此荀彧的到来具有着非凡的意义。
荀彧不仅是一位一流的谋略家，而且还是那个时代最优秀的政治家和战略家。
有了荀彧的加入，曹操便可以放心的在外征战，开拓疆土。而将内政管理，粮草供应等军国大事，全部交给荀彧来调度筹划。
荀彧加入的意义还远不止于此，从前曹操的身边只有一群武夫，且基本都是宗族成员，再加上曹操阉宦之后的身份，可以说对士族人才几乎没有丝毫的吸引力，而这一点却恰恰是一个军事集团能否取得成功的关键，否则，强悍如手握皇帝，蔑视天下的董卓，也要面临灰飞烟灭的下场！
颍川荀氏是当时的顶级世家大族，因此荀彧的到来使得天下名士开始用另一种眼光审视当时还名不见惊传的曹操，况且荀彧本人也十分擅于举荐人才，在荀彧的召唤下，荀攸，戏志才，钟繇，陈群，郭嘉等人便相继投奔曹操而来！
荀彧等人组成的智囊团成为曹操后来得以脱颖而出，纵横天下的最大倚仗。
第二年，即公元192年。
大股黄巾军由青州进入兖州，他们攻下任城，杀死了任城相郑遂，接着向东平进军。
兖州刺史刘岱率军迎击，却在混战中被杀。
为了让曹操取得兖州刺史的位子，东郡名士陈宫自告奋勇，前往兖州充当说客。
曹操的故交，济北相鲍信也在从旁鼓噪，于是在陈宫和鲍信的竭力劝说下，兖州的大小官员这才同意迎取曹操入主兖州，抵抗黄巾军！
这一年，曹操三十八岁！
兖州就是现在的山东西南部和河南东部地区，这里土地肥沃，人才汇聚，东面是青州和徐州，西南部是豫州，北连冀州，下辖包括东平国，济北国，陈留郡，济阴郡，山阳郡，任城郡，东郡和泰山郡在内的八个郡。
经过短暂的休整，曹操便与鲍信一起，合力进击东平一带的黄巾军。
战斗进行的非常激烈，鲍信战死，曹军也曾一度失利，最终在付出了极大的伤亡之下，成功将黄巾军逼退。
曹操趁热打铁，率军一路掩杀，对黄巾军穷追不舍，追至济北，采取诱降的手段迫使这股拥有三十万部众的青州黄巾军向他投降！
曹操从中挑选了五六万精锐之士，组成了一支颇具战斗力的队伍，号称青州兵！
自此，曹操实力大增，在兖州牧任上，曹操不但占据了地盘，扩充了军队，还得到了兖州地区许多优秀的文臣武将，比如从事毛玠，本地的地主豪强李典，吕虔，以及于禁等人。
这些人才的加入，使曹操在兖州站稳了脚跟。
初平四年，即公元193年初！
曹操与袁绍合力在封丘击败袁术，迫使袁术逃亡寿春，解除了南面的威胁！曹操开始向东谋取徐州，
陶谦是在黄巾起义时被任命为徐州刺史的，关东军讨伐董卓时，他没参与，因而被董卓破格提升为徐州牧。
陶谦曾与袁术，公孙瓒联合对战袁绍与曹操，因此与曹操素有仇怨！
同年夏，曹操之父曹嵩，在琅琊前往兖州的路上，被陶谦的部将张闿截杀。
曹操与陶谦真可谓是旧恨未了，又添新仇，于是曹操立刻亲率大军，咬牙切齿的杀奔徐州而来。
曹军一路势如破竹，连下徐州十多个城池，进抵彭城。
陶谦引军迎接，却遭遇大败，只得逃离彭城，退保郯县。
曹军随后攻破彭城，包围郯县，但却久攻不下，于是转而引军向南，攻取睢陵，夏丘等地。
此次曹操带有强烈的复仇目的，因此凡曹军所过之处，尽遭屠城，百姓被无辜杀戮，很多地方甚至被杀的鸡犬不留。
徐州的多个城镇变成了无人区。
陶谦惊惧万分，慌忙向当时的青州刺史田楷求救！
田楷则派平原相刘备率数千人马前去救援。
正巧曹军的粮草业已耗尽，曹操无奈，只得下达了退兵的命令！
陶谦知道曹操不会轻易罢休，于是表举刘备为豫州刺史，又拨给了刘备四千人马，让刘备屯兵于小沛，替他抵抗曹军。
一年后，即公元194年，四月！
曹操第二次东征陶谦，此番曹军长驱直入，一直打到琅琊和东海郡，所过之处，依旧大肆屠戮。徐州各地的百姓被杀者超过十万人。
曹军随后再次进军郯县，陶谦与刘备合军迎击，却被曹操杀得大败，郯县眼看不保，陶谦业已做好了逃命的准备，这时却传来了兖州叛乱的消息，曹操闻讯后大惊失色，立即率军撤走。
陶谦则再次侥幸保住了徐州，此次叛乱是陈留太守张邈联合陈宫一起发动的，两人都是曹操的好友，讨伐董卓时，曹操还曾依附在张邈军中，陈宫也在曹操上位兖州牧的过程中出过大力，但名士边让却因非议曹操而被下令处死，此事令二人深感不满，再加上曹操在徐州屡屡下令屠城，也让张邈与陈宫看到了曹操性格中阴狠残酷的一面。
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