对于清政府一系列的机构变动，作为旁观者，孙元起很多时候是抱着隔岸观火的态度。
比如设立巡警部，约略类似于今天的公安部。经世大学偏处城外，虽然校门外有百十来户人家，可油水太少，估计一时半会儿巡警部也不会在这里设置分支机构。学校附近多是校工，校园里面师生素质更不用说，还有保安日常巡逻，事实上也用不着巡警。
至于考察政治馆，和孙元起、经世大学八竿子都打不着，懒得去理会。
惟有学部的设置，让孙元起颇为关注。
所谓的学部，约等于是现今的教育部。在戊戌变法之前，中国的教育管理和考试选拔，主要由礼部负责。对应到地方上，省里是学政，府里是教授、训导，州里学正、训导，县里教谕、训导，都是专门的官员负责。
维新变法时，有项主张便是“废科举，兴学堂”，期间除了在京城兴办京师大学堂外，地方上中小学堂也如雨后春笋一般冒了出来。学堂是个新事物，需要政府监管，在那个万事毕举的时候，无暇仔细考量，便随意设立了“京师大学堂管学大臣”一职，兼管全国学务事宜。这首任管学大臣，便是叔祖父孙家鼐老大人。
庚子国变后，慈禧老太婆从西安回銮，痛定思痛，开始推行新政。新政之一，便是于光绪二十九年（1903）11月设立学务处，统辖全国学务。至于京师大学堂，则另设总监督，隶属于学务处。第一任学务大臣有三位，不过这三人孙元起都认识：除了孙家鼐老大人外，还有张百熙、荣庆。张百熙找自己帮过忙，荣庆则是现在的顶头上司。
这时候，全国的教育是被劈成两块：传统教育和科举考试归礼部，新式教育归学务处。到了今年九月份，袁世凯等人上奏，请求废除科举，推广学堂。慈禧老太婆眼看科举考试如明日黄花，再也不能适应当今的国内外发展形势，便顺水推船，允了这封折子。这样一来，礼部便几乎没有管辖教育的权利了，只剩下学务处一家独大。
有鉴于此，老太婆再次下令：以后各省学政专门管理学堂事务，而学政绩效归学务大臣考核，毋庸再隶属于礼部。至此，礼部彻底从教育口退出，学务处已经成为实际上的教育部，只欠一个明确的说法。
在五大臣遇刺的十多天后，山西学政宝熙上了封奏折，认为以学务处统辖全国各省学务，有点儿名不正言不顺，请求该学务处为学部。慈禧老奶奶把这个折子转给了政务处、学务大臣，让他们先行商议，拿出个意见来。
在孙元起看来，这是水到渠成，换块牌子的事儿，哪还用政务处、学务大臣来会商？直接写个“准”字不就得了！只是以后管自己的婆婆，除了外务部，又增加了学部。而且不知道学部尚书会不会新官上任三把火，故意来找自己的麻烦。
在孙元起从《申报》上看到这则消息的第二天，商务印书馆总经理夏瑞芳敲响了校长室的房门。
孙元起见是夏瑞芳，连忙起身迎接：“粹芳兄，好久不见，你几时到的北京？来之前应该说一声，小弟也好去车站恭迎啊！”
上次见夏瑞芳，还是取道上海赴美国的时候，转眼已经一年有半，确实是“好久不见”。虽然没有见面，不过因为书稿复印和稿酬结算的事情，两人书信来往却是非常频繁。这些年来，经世大学在商务印书馆至少出版三四百种图书，光孙元起一人，几乎就有近二百种之多！
寒暄已毕，夏瑞芳才正色说道：“百熙，愚兄是无事不登三宝殿啊！”
“这是哪里的话？你我二人，何分彼此？敬请道来！”
“不知你看过最近山西学政宝熙宝大人上奏的折子没有？”
孙元起一愣神：“昨天刚在《申报》上看到，不是说设立学部的事儿么？怎么了？”
夏瑞芳从袖子里掏出几页纸，递给孙元起：“这是宝大人奏折的全文，请你过目。”
孙元起连忙接过，仔细阅读。这时候才知道宝熙奏折的全名是《奏为科举停后专办学堂，拟请设立学堂，并申明定章，择举切要办法三条，以一学制，而期成效，恭摺具陈，仰祈圣鉴事》。翻译成白话文，就是奏请设立学部，为了达到效果，我想到三个重要办法。哪三个重要办法呢？
首先，学校老师应该是公务员编。在宝大人看来，如今各省学堂里面的老师都是聘任制的，跟学生一言不合，就想辞职走人，容易导致学生课业中断。如果变成公务员编，想来老师不会轻易辞职。
这么说来，宝大人思考问题还挺有现实意义的。改革开放三十年来，大中小学老师是事业编时，流动不是很频繁；一旦变成聘任制，那是更换千军如走马！尤其是大学里面有名气的教授，跳来跳去，似乎就是奔着各个学校的安家费去的，一旦钱到手，立马准备跳到下一家，浑不管学生死活！
其次，统一教科书。在原先给张百熙帮忙编学校章程的时候，孙元起明确写道：“现在政府没有能力统一编写规范的教科书，所以应该允许各个学堂自己编写教材，如果没有违碍，就应该可以印刷使用。私人编纂的教材，只要学堂认可，符合教科书的规范，也可以采用。”这样，就为经世大学的教科书合理化，找到了法律依据。张百熙见了，也没有修改。
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